Incluso antes de la construcción del edificio que vemos hoy, el comercio ya formaba parte de la vida en el centro de la isla. Ya en el siglo XVIII, pescadores, agricultores y pequeños comerciantes instalaban puestos cerca de la antigua costa para vender pescado, harina de mandioca, frutas, carnes y otros productos que abastecían a la población de la ciudad.

El Mercado Público de Florianópolis tal como lo conocemos hoy comenzó a tomar forma a finales del siglo XIX. El edificio actual fue inaugurado el 5 de febrero de 1899, inicialmente con una sola ala y de frente al mar. En aquella época, el mercado era el gran centro de abastecimiento de la ciudad: allí llegaban productos provenientes del continente y de otras regiones para ser vendidos a la población. Con el crecimiento de la ciudad, años después se construyó una segunda ala, formando el conjunto arquitectónico que vemos hoy, con el patio central que conecta ambos lados.

Con el paso del tiempo, el mercado acompañó las transformaciones de Florianópolis. El mar que estaba justo enfrente dio lugar al relleno de la Bahía Sur. El comercio cambió y el espacio también pasó a convertirse en un punto de encuentro y convivencia para residentes y visitantes.

Uno de los momentos más marcantes de su historia reciente ocurrió en 2005, cuando un gran incendio destruyó completamente el ala norte del mercado. El episodio fue muy sentido por los habitantes de la ciudad, ya que el lugar forma parte de la memoria afectiva de muchas generaciones.

Después de años de obras y restauración, el mercado fue revitalizado y reabrió sus puertas en la década de 2010, recuperando su arquitectura histórica y ganando nuevos espacios para bares, restaurantes y eventos culturales.